O Curso de Formação de Professores desde sua primeira edição em 1999, vem adequando-se as normativas que regulam a formação de professores para a atuação na Educação Profissional de nível médio.
Embora a instituição tenha sido criada em 1942, com a denominação de Escola Técnica de Pelotas (ETP) e em 1965 tenha recebido a denominação de Escola Técnica FEderal de Pelotas (ETFPEL) voltava-se à formação de técnicos industriais. Com a aprovação da Lei 5692/71, a habilitação de professores para o exercício do magistério nas disciplinas dos currículo dos cursos técnicos de nível médio passa a ser uma exigência legal, iniciando-se o processo de formação de professores na instituição.
Antes de ser oferecida pela própria instituição, a formação de professores era promovida baseada em convênio com outras instituições habilitadas para a formação em nível superior. Quando era denominada Escola Técnica Federal de Pelotas -ETFPEL, por meio de convênio com a Universidade Federal de Pelotas, em 1976 e em 1978 ofertou cursos emergencias de formação de professores, denominados “Licenciatura Plena para Graduação de Professores da Parte de Formação Especial do Currículo do Ensino de 2º Grau - Esquemas I (para graduados não licenciados) e Esquema II (como primeira graduação em áreas específicas da Educação Profissional) .
No período de 1986 a 1995, a ETFPEL firmou convênio com o Centro Federal de Educação Tecnológica do Paraná (CEFET-PR) tendo em vista que seu curso de formação de professores era reconhecido pelo MEC desde o parecer CFE 810/85. Neste formato foram oferecidas três edições e formando aproximadamente 200 professores, nas áreas de Construção Civil, Eletricidade, Eletrônica, Mecânica e Química Aplicada.
Em 1998 a ETFPEL obteve autorização ministerial para implementar o seu próprio Programa Especial de Formação Pedagógica, destinado à habilitação de professores da educação profissional. A partir da transformação da ETFPEL em Centro Federal de Educação Tecnológica de Pelotas (CEFET-RS) em 1999, o primeiro curso ofertado em nível superior foi o Programa Especial de Formação Pedagógica, autorizado pelo Parecer CNE/CP 45/98. Com este formato de currículo foram atendidas doze turmas, entre os anos de 2000 e 2009, totalizando 388 professores.
No ano de 2008 o CEFET-RS foi transformado em Instituto Federal de Educação Ciência e Tecnologia Sul-Rio-Grandense (IFSUL) e o Programa Especial de Formação Pedagógica foi transformado em Pós-graduação lato sensu em Educação Profissional com Habiltação para a Docência. Com este desenho curricular o curso teve ingressos de turmas nos anos de 2010, 2012, 2014 e 2015.
A partir da Resolução 02/2015 do Conselho Nacional de Educação, o curso novamente é adequado à legislação e passa por um processo de reestruturação, sendo denominado de Curso de Formação Pedagógica para Graduados Não Licenciados, tendo ingressos semestrais a partir do segundo semestre de 2018.
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